El núcleo urbano de Peñaflor de Hornija se encuentra en el límite superior de la comarca de Valladolid, en el valle del río Hornija. El núcleo está asentado al borde del páramo, colgado sobre el valle del Hornija con un desnivel próximo a los 70 metros. Se ha convertido por derecho propio en el mejor mirador posible de todo el Valle del Hornija debido a su ubicación en uno de los límites del páramo de los Montes Torozos.
En Peñaflor de Hornija y en los pagos del Tesico del Salvador y Eras de Pinilla, se han encontrado restos prehistóricos y romanos como astas de ciervo y trozos de cerámica negra pulimentada o de cordones digitales de tipo Curiel, así como terra sigillata hispánica. También han aparecido monedas romanas y algunos bronces en obras realizadas en el pueblo.
Es conocido que el pueblo tuvo una muralla defensiva, que, junto con su iglesia, con escasos vanos en la torre, denotan la importancia de la villa dotándola de carácter militar.
En el interior de la villa destaca la existencia de varias casonas de piedra con características señoriales, entre todas ellas llama la atención la que señalan como perteneciente al conde Peñaflor. Destacan dos iglesias, ambas de estilo gótico, la del Salvador y la de Sta. María de la Expectación. También destaca la ermita del Cristo de las Eras, construida en el siglo XVI.